Z uredbo so določena notranja vodovarstvena območja z različnimi stopnjami varovanja. Ožje in širše vodovarstveno območje za zajetje Rižane se razteza ne samo na območju MO Koper, kjer se nahaja zajetje Rižane, temveč tudi v zaledju na območju občin Hrpelje-Kozina in Ilirska Bistrica. Hkrati so z uredbo določena vodovarstvena območja tudi za vodne vire, iz katerih je zagotovljena preskrba s pitno vodo za prebivalce občine Hrpelje-Kozina.
Z najstrožjim vodovarstvenim režimom na najožjem vodovarstvenem območju se varuje dovolj široko območje okoli zajetij, s čemer se zagotavlja sprejemljivo tveganje za onesnaževanje s patogenimi mikrobiološkimi organizmi in drugimi onesnaževali. Na ožjih vodovarstvenih območjih se glede na hidrološke razmere in dinamiko podzemne vode zagotavlja dovolj dolg zadrževalni čas in dovolj veliko razredčenje onesnaževal ter s tem sprejemljivo tveganje za onesnaženje vode v zajetju z onesnaževali, ki počasi razpadejo. Širše vodovarstveno območje pa predstavlja celotno napajalno območje zajetja, kjer je zagotovljeno dolgoročno varstvo zdravstvene ustreznosti pitne vode, vodovarstveni režim pa zagotavlja sprejemljivo tveganje za onesnaženje z radioaktivnimi snovmi in snovmi, ki so obstojne ali se razgrajujejo zelo počasi.

Prepovedi, omejitve in zaščitni ukrepi na notranjih vodovarstvenih režimih pomenijo določene spremembe in prilagoditve tako pri načrtovanju razvoja občin kot tudi pri obstoječi rabi prostora in opravljanju obstoječih dejavnosti. Nekatere spremembe in prilagoditve je možno uveljaviti takoj ob uveljavitvi pravnega akta, za nekatere pa so v uredbi predvidena prehodna obdobja, saj je takojšnja prilagoditev zaradi posebnosti nekaterih dejavnosti nemogoča ali pa je pogojevana s sprejetimi roki iz drugih predpisov, kot to velja za roke, v katerih je treba zagotoviti odvajanje in čiščenje komunalne odpadne vode.